Andrew_LvovПытаюсь перенести данные из одной базы в другую. Между базами есть отличия, то есть это не миграция 1в1.
Например, в старой таблице есть таблицы users, names, surnames; в новой - просто users с соответствующими колонками.
Соответственно, некоторые данные нужно свести из нескольких таблиц, некоторые заполнить значением по-умолчанию.

С связи с этим, вопрос: есть ли готовые инструменты, которые облегчат перевод данных с изменениями под новую структуру?

И сразу второй:
Мне нужно запихнуть в поле auth_user.username значение вида 'username_{id}', где {id} - это id соответствующей записи. Как модифицировать этот запрос?
INSERT INTO new_database.auth_user (id) SELECT id FROM old_database.web_anketa WHERE id > 5;

Никакая програма не придумает за вас логику миграции (если миграния не 1в1).
Значит надо будет писать логику на каком-нибудь языке.
Лучше писать на том языке который вы знаете,
например жава, перл, руби...
как вариант для логики средней сложности:
перенесите все 1в1 а потом создавайте новые таблицы из старых
средствами СКЛ.
В гугле есть какие-то ссылки по поиску "mysql etl" но насколько
они вам помогит судить не берусь.