нет, не является.
нет не шифруется.
Обычный TCP connect на определенном порту, как и у Оракла Поскреса и т.д.
Шифрование обеспечивается накруткой доп. "сервисов" типа ssl

koka3000,
Непонятен "масштаб" использования MySQL... Надеюсь это не Вэб-сервис в свободном доступе.

1. Пароли в MySQL при разумном (обычном) использовании хранятся не в явном виде. См ф-ю PASSWORD()
2. Вы путаете (или я не понимаю :-) ) шифрование Соединения (коннекта), и шифрование передаваемых Данных

Вариант для корпоративного использования (когда известны конечные пользователи или когда их не тысячи...).
Если вам необходимо обезопасить подключения -
можете рассмотреть "Подключение через тунель SSH", хитрое такое название.
- Настраиваете SSH на сервере с возможностью подключения только по "ключу" (причем обязательно делаете также ПАРОЛЬ к ключу, на случай воровства-пропажи файла ключа, пароль и файл ключа),
- Настраиваете SSH на клиенте. !!! Раздаете каждому пользователю отдельный ключ и пароль к нему.
Это стандартная схема работы через SSH-тунель. Используют большинство админов для доступа к ДАЛЕКО удаленным серверам.
Пользователю MySQL не даете админских прав, чтобы не могли "посмотреть" другие пароли... и даже "имена" других пользователей. Это также обычная практика.

Если это Вэб-сервис, особенно в свободном доступе, - вопрос упирается в безопасность Web-кода (защита от "инъекций" и прочей заразы.)

Ну и далее по списку SSL-шифрование, это чуть другое - защита передаваемых ДАННЫХ с помощью шифрования. Есть тоже ключи и т.д. и т.п.