GTAlexslow_query_log = 1
slow_query_log_file = /..../slow_queries.log

файл создаётся, но в него, не пишет ничего

даю с консоли
do sleep(10);

по идее должен записаться - а там пусто
по идее, как раз нет.
Не вижу чтобы вы задали long_query_time. значение по-умолчанию - как раз 10.
То есть, ваш тест может и не дотянуть до 10 секунд ровно.

Ну и проверьте как эти все конфиги на самом деле применились - то есть, сделайте show global variables like 'slow%' .
В связи с дебианизацией иногда довольно неочевидные конфигурации попадаются, тк файлов в /etc/mysql/ стало много.