alexnews, вы практически все известные штуки перечислили.
munin - самый простой.

Но mysql не может существовать сам по себе. Скорее всего у вас есть еще инфраструктура и сервисы.
Поэтому ориентируйтесь на zabbix. Кажущаяся сложность потом окупится. Кроме того, там есть предопределенные пороговые значения, которые, скорее всего, важны, хотя вы об этом не знаете.

Другим важным моментом является выбор счетчиков. Возьмите шаблоны от percona : https://www.percona.com/doc/percona-monitoring-plugins/LATEST/zabbix/index.html
остальные не шарят и мониторят не то.