svnvlad,

переходите на mysqlpump , там эта опция по-умолчанию включена.

А Руководство Администратора к вашим программам написано? В нем есть раздел по резервному копированию и восстановлению?

Вот для этого и пишется документация, в частности, Руководство Администратора, чтобы админ не мог извращаться как хочет. Если в требованиях ОС не указана, то имеет право. Если указана и он ставит другую - косяк на его стороне, пусть исправляет.
Технически это возможно, но вряд ли имеет смысл. По идее, на этом отдельном сервере и нужно запускать резервное копирование.
Но могут быть местные особенности, например, может существовать отдельный сервер резервного копирования. Который по отношению к серверу СУБД будет клиентом.