В общем случае без просмотра каждого файла задача хреново решается... разве что так:

Пишем скрипт. Его задача - запустить выполнение файла схемы, проверить изменение структуры БД. Если новая таблица создана - зафиксировать имя (накапливается порядок), удалить файл схемы. Если таблица не создана - отправить файл схемы в конец очереди. И так, пока все таблицы не будут созданы, или пока полный цикл обработки очереди не оставит БД неизменной (что говорит об очень больших проблемах). Если все таблицы созданы - загружать данные в накопленном на первом этапе порядке и контролировать на ошибки импорта. Если ошибки будут - у вас опять большие проблемы...

В 90% случаев проблемы - следствие несовпадения версий сервера БД или настроек (сервера, соединения, клиента... даже ОС, на которой вертится сервер или с которой выполняется описанная операция).