Во-первых, база, это все ж данные объдиненные общей идеей!
Во-вторых, права читаются для всех баз сразу, а вот применятся будут из маленького набора только для текущей базы.
Других отличий я не вижу. Разве, что одну базу на разные диски не перенесешь, но симликами на UNIX это в 5 секунд!