Ты имеешь в виду несколько баз данных? Или несколько экземпляров сервера на машине?

Если создать базу то

create database имябазы

и все. Все базы работают одновременно.


Если речь идет об экземплярах:
В последних дистриутивах вместе с mysqld_safe есть еще один дополнительный скрипт mysqld_multi. Он как раз и предназначен, чтобы запускать несколько экземпляров сервера на одной машине.

Там внутри есть инструкция как его запускать