HettТолько MySQL. Лог был выключен на тот момент. Но я не знаю, чтобы он мог дать, я во время проявления проблемы смотрел какие запросы висят в обработке, но чем бы это могло помочь?
Информацией могло бы помочь. Там же пишется сколько строк было поднято и сколько времени занял запрос. Для myisam время чистого ожидания еще. А со всякими фокусами из percona информации и того больше.
В данной ситуации наверняка был один какой-то ресурсоемкий запрос, который вы пропустили.

Поставьте еще atop и снизьте интервал записи, скажем, до 60 секунд - позволит видеть информацию как в обычно top, но еще и в ретроспективе. И, если осилите, munin с плагинами для mysql.

Такой набор позволяет очень уверенно судить что и где было.