>MySQL хранит таблицу в файле. Я слышал, что можно указать, чтоб он разбивал этот файл на несколько файлов определенного размера. С маленькими файлами легко работать и я их смогу собирать на главном компе.

Я, верно, что-то упустила, но мне кажется, что собрать отдельные "маленькие файлы" на одном сервере и сделать из них выборку-это разные вещи, если речь идет об ibdata. Их еще как-то надо серверу представить и уговорить, что они у него есть и могут работать.
И 4 гигабайта это совсем не много...

А для разбивки можно партиционирование использовать с разбивкой по датам. Но чтобы это было эффективно, у вас 4гб в день должно накапывать, образно говоря.

Мне больше нравится дамп со всех. Вначале добавить везде допполя ид_сервер и дата-время, заполнять можно триггерами. Потом залить дамп со всех на один сервер, дальнейшие обновления можно забирать infile-outfile по дате. Получатся маленькие файлики, которые к тому же можно еще и архивировать при передаче.
Хотя если таблиц много то напряжно все это делать...