Юзай MyISAM и не заморачивайся с HEAP-таблицами.
Сколько я ни пытался выжать максимум быстродействия из HEAP-таблицы, ничего не вышло. Вопреки всякой логике, аналогичная таблица MyISAM работала быстрее. Может, у меня руки кривые :)
На самом деле, все дело в том, что в HEAP-таблицах для поиска вместо индекса используется хэш. Если в твоих запросах не используется сортировка, и в where для проиндексированных полей используются только операторы = и !=, то HEAP будет быстрее, чем MyISAM. В остальных случаях используй MyISAM.