Какую ось пользуешь?
У меня MySQL4.x крутится по виндами, файл с настройками выглядит так:

--------------------------------------------------------------------------

[client]
#default-character-set=cp1251
#character-sets-dir=c:/mysql/share/charsets

[mysqld]
basedir = c:/mysql/
datadir = c:/mysql/data/
language = c:/mysql/share/english
default-character-set=cp1251
character-sets-dir=c:/mysql/share/charsets

#language=russian

log-update=c:\mysql\log\update.log
log-error=c:\mysql\log\mysqlerr.log

#shared-memory-base-name=MySQL

#log=C:\mysql\log\log
#log-bin=c:\mysql\log
#log-isam=c:\mysql\log
#bdb-logdir=c:\mysql\log
#shared-memory-base-name (Новое в MySQL 4.1)
#log-error=C:\mysql\log\mysql.err (Новое в MySQL 4.0.10)

skip-innodb

----------------------------------------------------------------------------

С уважением, Don.