Хочу услышать тех, кому удалось завести MySQL под Windows на сыром разделе.
Интересуют настройки в my.ini (или как там он у Вас называется), а именно:
innodb_data_file_path = ???

Выдержка из документации:
"... On Windows, starting from 4.1.1, you can allocate a disk partition as a data file like this:
[mysqld]
innodb_data_home_dir=
innodb_data_file_path=//./D::10Gnewraw
The //./ corresponds to the Windows syntax of \\.\ for accessing physical drives.
..."

У меня что-то пока не вышло запустить сервер, говорит, что:
"
050629 18:22:53 InnoDB: Operating system error number 123 in a file operation.
InnoDB: Some operating system error numbers are described at
InnoDB: http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/Operating_System_error_codes.html
InnoDB: File name .\\\.\D:
InnoDB: File operation call: 'open'.
InnoDB: Cannot continue operation.
"
Диск помечен в Windows как раздел под D:, только не отформатирован под конкретную файловую систему!