Первоначальные данные:

-- Таблица "модули"
create table modules (
 m_id int not null auto_increment primary key,
 module_name varchar( 30 ) not null);

insert into modules (module_name) values ('Новости'), ('Статьи'), ('Каталог товаров');

-- Таблица "роли"
create table roles (
 role_id int not null auto_increment primary key,
 role_name varchar( 30 ) not null);

insert into roles (role_name) values ('admin'), ('user');

-- Таблица "доступ к модулям"
create table module_access (
 access_id int not null auto_increment primary key,
 m_id int not null,
 role_id int not null,
 access_status tinyint not null default  0 );

-- выставляем связи между ролями и модулями
insert into module_access
(m_id, role_id) values ( 1 , 1 ), ( 2 , 1 ), ( 3 , 1 ), ( 1 , 2 ), ( 2 , 2 ), ( 3 , 2 )

допустим был добавлен новый модуль

insert into modules (module_name) values ('Чат')

для поиска новых модулей для роли $role_id в module_access.php выполнялся следующий запрос:

select m.m_id, m.module_name
from modules m
where m.m_id not in 
 (select a.m_id
  from module_access a
  where a.m_id=m.m_id and a.role_id='$role_id')

create temporary table t_1
as
 select m_id
 from module_access
 where role_id='$role_id';

select m.m_id, m.module_name
from modules m LEFT JOIN t_1 
ON m.m_id=t_1.m_id
WHERE t_1.m_id is null;