Добрый день!

Очень нужен совет в такой ситуации.
Сервер. Операционка CentOS. Оперативка - 16Гб.
На сервере стоит 15 сайтов.
Общая посещаемость в день - порядка 2-3 тыс. чел.

Примерно месяц назад сервер стал периодически "засыпать".
То есть сначала останавливается MySQL.
От слова "совсем".
Написали баш-программку, которая из крона каждые три минуты стучит в базу
и если ответа нет, то перегружает процесс mysqld (останавливает-запускает).
Какое-то время это помогало.
Но дальше стало хуже.
Кроме базы стал "засыпать" и сам Apache.

Стали внимательно смотреть на проблему.
Оказалось, что в базе зависают "спящие" процессы.
В огромном количестве.
В файле my.cnf утсновили лимит:
interactive_timeout = 120
wait_timeout = 120

Не помогает. Процессы свыше 120 секунд спокойно висят и не отключаются.
Подскажите, что мы делаем не так.

Привожу все переменные my.cnf:
[client]
port = 3306
socket = /var/lib/mysql/mysql.sock

[mysqld]
port = 3306
socket = /var/lib/mysql/mysql.sock
skip-external-locking
skip-innodb
key_buffer_size = 256M
max_allowed_packet = 256K
table_open_cache = 256
sort_buffer_size = 256K
read_buffer_size = 256K
read_rnd_buffer_size = 256K
net_buffer_length = 2K
thread_stack = 128K
interactive_timeout = 120
wait_timeout = 120

query_cache_size = 64M
query_cache_type = 1
query_cache_limit = 2M

max_connections = 512

server-id = 1

[mysqldump]
quick
max_allowed_packet = 8M
net_buffer_length = 512K

[mysql]
no-auto-rehash

[myisamchk]
key_buffer_size = 256M
sort_buffer_size = 256M

[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysqld.log

В логе никаких проблем нет.
В нем только прописывается, когда он прошла остановка и запуск.
Может быть мы все-таки что-то упускаем?
Помогите, плиз......