Всем доброго дня!

Подскажите наилучший план действий, ибо ответа в интернетах не удалось найти.

Есть сайт на php, размещен на дедике 2х xeon e5
Пользователи на сайте запускают "долгоиграющие" процессы - в среднем от 10 минут до получаса.
Процессы вида

^{while ( $result = mysqli_fetch_array (...) )
{
// выполняем некоторый код
// обновляем данные в mysql
// пауза 1-2 секунды
}}

цикл может иметь до 1-2 тысяч интераций, отсюда и долгое время выполнения.
Все это время mysql соединение открыто

Сейчас при средней посещаемости с сайтом происходит ерунда - mysql периодически "кушает" 100% CPU, сами страницы открываются долго и неохотно, каждая интерация в цикле занимает куда больше времени, чем пару секунд.
Изучал проблему, кажется, уже со всех ракурсов - начиная от slow query (коих, к слову, не оказалось), заканчивая strace php-процессов. Пока безрезультатно.

Впервые обращаюсь на форум авторитетных специалистов, возможно, у вас на практике были подобные проблемы.
В настоящий момент грешу на долгоОткрытые соединения ( в час пик их может быть одновременно ~300, не считая быстрые соединения при открытии других страниц сайта - их порядка 100 запросов в секунду).

Стоит закрывать соединение при выполнении и открывать при необходимости вновь записать данные?