BlackGnomeГуестПеренес базу с грехом по поламЗря Вы так. Базу удобнее переносить не по полам, а с промежуточным дампом в виде файла. Конечно, будет лучше, если база без греха. :-)
BlackGnomeГуестПоловину внешний ключей грохнулЭто как?
BlackGnomeГуестКакая утилита лучшая?Штатные mysqldump и mysql.

BlackGnomeГуест,

Что значит "много" и "быстро"?
Если сотен пять таблиц залилось из дампа на целевой сервер за пару минут - это мало или долго?

Сами по себе таблицы (пустые) не требует каких-то немыслимых ресурсов для копирования. Строки данных - другое дело - их может быть и сто миллионов в двух таблицах. Если сперва создать индексы, а потом заливать данные - это будет дольше, чем сперва залить данные, а потом создать индексы.

Проверку внешних ключей, можно отключить при заливке, если это мешает.

Как вариант, можно остановить исходный и целевой серверы, скопировать файлы с одного сервера на другой, потом запустить оба. Разумеется, версия серверов должна совпадать.