Добрый день, подскажите, как правильно обновить таблицу many to many?

Таблица 1: city
Поля: id title

Таблица 2: metro
Поля: id title

Таблица 3: city_metro
Поля: id_city id_metro

Допустим изначально в таблице 3 были след. значения:
id_city id_metro
0 1
0 2
0 3

После обновления хочу получить:
id_city id_metro
0 3
0 4
0 5


Как правильно составить запрос, чтобы обновить таблицу?
Есть идея, но не уверен, что она правильная и так делать грамотно.

1. Удалить все значения из таблицы с id_city = 0 и записать новые.

Спасибо.

Распишите задачу, непонятно откуда и как между собой связаны данные значения.

Есть таблица городов и таблица метро.

Для примера:
Таблица 1:
id title
0 Санкт-Петербург

Таблица 2:
id title
0 Автово
1 Академическая
...

Таблица 3, которая имеет связь с таблицей 1:
id_city id_metro
0 0
0 1
...


Задача: С формы сайта получить данные по городу и станциям метро. Если такая запись уже существует, то обновить данные.
Для примера опять же.
В городе Спб, есть 3 магазина, которые расположены на станициях А, Б, В.
Спустя некоторое время магазин на станции Б закрылся, но открылся на станции Г, Д, Е.
Получается, что сейчас в таблице 3 должно быть 5 записей. Две старые А, В и три новые Г, Д, Е.

Вот здесь как раз таки вопрос, как правильно это всё дело обновить?
Пишу на php.

Из озвученных идей это удалить из таблицы 3 все значения по id_city и записать новые.


Ваш пример для моего случая не подойдёт ведь? Т.к. записей для Одного города может быть больше 3?
Повторюсь, что пишу на php.

А можете пример показать?
По примерам из поисковика не совсем понятно, что смерживать в моём случае.