SELECT
 zs.sap_id AS store,
 tip.number AS cash_number,
 tosc.cash_id,
 tosc.kkm_shift_number AS shift
FROM
ukmserver.zsap_store zs
JOIN ukmserver.trm_in_pos tip ON zs.store_id = tip.store_id
JOIN ukmserver.trm_out_shift_close tosc ON tip.cash_id = tosc.cash_id
LEFT JOIN export.zsap_read zr ON zr.store=zs.sap_id and /*тут равенства на остальные три поля, или как вы там определяете схожесть записей*/
 AND zr.close_date >= STR_TO_DATE(@date1,'%d.%m.%Y %H:%i:%s')
 AND zr.close_date <= STR_TO_DATE(@date2,'%d.%m.%Y %H:%i:%s')
 AND zr.store = @store /*эти три условия на zr нельзя переносить в where, почему - думайте сами*/
WHERE
 zs.sap_id = @store
 AND tosc.`date` >= STR_TO_DATE(@date1,'%d.%m.%Y %H:%i:%s')
 AND tosc.`date` <= STR_TO_DATE(@date2,'%d.%m.%Y %H:%i:%s')
 AND zr.id is null /*необязательно ид, можно любое не-нулл поле*/