kormotВопрос, насколько это плохой вариант

Нормальный, только я бы применял другой тип данных по возможности - boolean, bit или что-то в этом духе.
Зависит от СУБД.


в плане что в запросы добавляются операции поиска с неиндексированным полем.

Это как раз ерунда. Отсев по этому признаку будет небольшой (набор данных несильно сократится), а надеятся, что это условие будет селективным ты всё равно никогда не будешь.




А индексировать поле в котором всего 2 варианта, вроде как глупо.



Не всегда. Как раз в таких случаях, когда редко удаляют и мало удалённых записей (isActive=0), выгодно делать индекс
для поиска неактивных записей , если такое нужн.
В случае равновероятого появления записей с 1 и 0 в таблице, естетственно, индекс бессмысленен.




Ваше мнение относительно такой модели

Нормальная, здравая.Никаких проблем не несёт, даже наоборот.

и как вы решаете в своих приложениях.

Ну , в том числе и так же, это на самом деле достаточно распространенный подход.