Если у вас один "простенький" запросец, а не куча процедур, то можно использовать встроенный профилировщик.

SET PROFILING = 1;
select max(now()) -- тут ваш запрос

;SET PROFILING = 0; show profiles;


Я таким образом время выполнения смотрю, пользуюсь бесплатным и очень удобным(ИМХО) HeidiSQL.

Я как обычно ответил на тему нечитая :)

дополняю ответ.

показывает время на запрос.
Если посмотреть чем занимается субд внутри запроса, то можно сначала узнать номер запроса с помощью , а потом узнать детали по запросу(например номер 10)


ГУИ в данном случае просто использует эту функцию, так что смена оболочки на точность не должна влиять.
Также, гуи не сможет измерить точнее самого сервера.


Про сложные случаи:
Лично я запускаю очень тяжелые и длительные запросы(alter, update,...) именно в консольном клиенте, потому что за пару часов сеть может помереть или еще чего нить случится с моей рабочей тачкой - в результате я не узнаю чем закончился запрос. А так он выполняется на сервере и точно не отвалится, если я отсоединюсь.

aliskin...
ну эээ субд на моем локалхосте почти всегда простаивает. Но я попробую применить указанные команды.
...

к простаиванию это не имеет никакого отношения. Я ведь привел пример как замерить время выполнения запроса в 19178371
Это способ не со стороны посмотреть как выполняется что-нибудь, а именно один конкретный запрос разово посмотреть.