Запускаете sp_who или sp_who2 и смотрите список процессов на сервере. Для каждого активного процесса делаете dbcc inputbuffer(<номер процесса&gt, чт. увидеть, чем он сейчас занимается. Как только видите, что это тот самый ваш запрос, к-й выполняется около 1-2 часов и сильно грузит сервер, делаете kill этого процесса.
Можно делать то же самое графически из EM -> Management -> Current Activity, что, в общем-то, пополам.