Добавление constraint-a NOT NULL происходит через промежуточную таблицу, т.е. создается таблица BASE1.dbo.Tmp_TBL_1, а затем в нее копируютя все записи из BASE1.dbo.TBL_1. Если все прошло успешно, то страрая таблица удаляется и новая переименовывается.
Если сбой у вас происходит на стадии переноса записей, это означает IMHO , что оригинальная таблица все-таки содержит записи, т.к. скрипт на изменения, который предлагает мне мой SQL2000 SP1 содержит следущее
IF EXISTS(SELECT * FROM dbo.TBL_1) EXEC('INSERT INTO dbo.Tmp_TBL_1(...) SELECT ... FROM dbo.TBL_1')