Затыки могут происходить в те моменты, когда SQL-сервер вынужден выполнять вместо основной работы вспомогательную работу. Например, автоматически обновлять статистики, когда выясняется, что текущие статистики слишком старые. Либо увеличивать размер фалов БД и журнала транзакций, если утыкается в их переполнение. Пройдись по своим Maintance планам и посмотри, что где и когда выполняется. Обновление статистик и перестройку индексов лучше делать самостоятельно в удобное для этого время, а не дожидаться, когда серверу станет невтерпеж. В файлах БД и лога должно быть зарезервировано достаточно места.
Еще могут происходить затыки из-за блокировок. Одна транзакция блокировала ресурсы, все ее ждут. Необходимо выявить критические части в скриптах и свести вероятность помех при взаимных блокировках к минимуму.
Видимо, ничего нового не сказал, сплошь одни прописые истины :).

> А какое это время, если запросы идут круглосуточно?
Они могут идти круглосуточно, но в ночное время интенсивность может быть существенно ниже (например). На это время и нужно планировать обновление статистик.
А вообще, скорее всего, проблема в блокировке (у меня такое ощущение, ну чисто субъективное).