Одинаковых компьютеров недостаточно. Навскидку:
- SQL может крутиться непосредственно на одном из этих компьютеров, а второй общается с сервером по сети;
- на одном из компьютеров запущено больше приложений или сервисов, отъедающих процессорное время;
- затыки сетевого трафика;
- могут быть все же не совсем одинаковые настройки двух компьютеров, если они совсем одинаковы, то можно у них поменять винчестеры, это, так сказать, поиск решения методом сечения области примерно пополам;
- много чего еще можно копать...

Думаю, что никто до сих пор не отвечал именно из-за расплывчатости проблемы...