alltoxsp_whoisactive говорит что всё пучком! запросов парочка и они не грузят особенно. Как ещё можно выяснить?Если у вас там сотни мелких запросов в секунду то sp_whoisactive не покажет вам ничего. Эта процедура полезна в случаях если кто кого заблокировал или просто запрос выполняется пол часа, а для вашего случая может быть совсем бесполезной.

Как уже сказали смотрите статистику по запросам, хотя там тоже есть ньюансы.

Профайлером - надеюсь вы так называете серверный трейс, а не самим профайлером смотрите? А то при загрузке 99% вы вообще сервер убъете.

Загрузка ЦП у вас точно от SQL процесса а не от чего нибудь другого?

Ну и больше ради интереса, ожидания на сервере смотрели?