№2. Техничный1. Через мастер импорта импортировать список скважин из CSV в табличку [bad_list]
2. DELETE t FROM [collar] t INNER JOIN [bad_list] s ON ( t.[holeid] = s.[holeid] )

№3. Рукожопный
1. С помощью SSMS создать табличку с [bad_list] и полем [holeid].
2. Выбрать на листе все значения этих самых holeid - они ведь в колонке, да? - и скопировать в буфер обмена (CTRL+C)
3. В SSMS открыть табличку на редактирование записей (EDIT TOP N rows)
4. Нажать на заголовок колонки holeid и вставить данные (CTRL+V)
5. В зависимости от количества строк и задумчивости РМ подождать (попить чаю, попудрить нос, проверить почту, заполнить отчет о работе)
6. DELETE t FROM [collar] t INNER JOIN [bad_list] s ON ( t.[holeid] = s.[holeid] )

№4. Извращенный
А еще можно сделать в excel макрос на VBA с ADODB, где цикл будет идти по UsedRange листа и формировать sql с DELETE FROM [collar] WHERE [holeid] = '<holeid'>

№5. Излишне техничный
То же самое, что и №1, но создание таблицы заранее и загрузка через SSIS / BULK INSERT