Входящие и выходящие суммы учитываются в рублях и копейках, т.е. округляются до двух знаков.
Расчётные суммы можно хранить и считать как угодно, главное, чтобы соблюдался балланс.
Что делать с расхождением при округлениях - чисто бухгалтерская задача.

Допустим вы считаете прибыль за период.
Сумма получено от клиентов = 10234.34$
Сумма стоимостей предоставленных услуг = 5212.2525$
Сумма начислено клиентам, исходя из общей длительности и тарифа = 10233.1265$
Тогда
Прибыль равна 10234.34$ - 5212.25$ = 5022.09$
Убыток от округления = 10234.34$ - 10233.13$ = 1.22$

Когда бухгалтер начнёт разводить все суммы по счетам эта разница, обязательно вылезет, при этом баланс не будет сходится. Задача бухгалтера правильно её скинуть, например на прибыли и убытки.

Конечно, есть ещё другой вариант - размазать разницы от округления по клиентским счетам. :)