Удалить статью из merge-публикации можно с использованием sp_dropmergearticle. Однако выполнение этой процедуры требует отсутствия активных подписчиков.
Вопрос: бывают неактивные подписчики? Или подписчик либо есть, либо нет?
Удалять подписчика я не могу, так последняя успешная синхронизация с издателем была давно. А при повторной подписке нужно либо выполнять первоначальную синхронизации, либо нет. И тот и другой вариант не позволит обменяться данными, внесенными после последней успешной синхронизации.

Помогите, пожалуйста. Ну что вам стоит при вашем уме и опыте?