У меня есть опыт по удалению из нескольких таблиц большого количества записей (в самой большой таблице свыше 1,5млн.), это серьезная проблема и без написания некоторого скрипта не обойтись. Индексы я не трогал, я удалял, а по окончании удаления восстанавливал связи между таблицами это позволяло использовать TRUNCATE.
Самое большое удаление я делал частями (от удаления одной транзакцией происходило переполнение журнала транзакций), т.е. записи содержали дату и я одной транзакцией удалял записи за полгода и так в цикле до нужной даты. Надеюсь моя подсказка Вам поможет.