Ручками писать не сложно, если публикации простые. Кроме того, не плохо было бы всё это хорошенько документировать, а то потом и сами не разберётесь, что к чему.
Практика показывает, что даже при настройке Marge репликации, на уже готовой и используемой в промышленной эксплуатации базе, ручками и без того много чего придётся писать. К тому же, через ЕМ публикации и подписки в 2000-ке настраиваются очень удобно и этот процесс хорошо документирован. В случае возникновения нестандартных проблем, есть на что опираться... При создании репликации руками, локализация проблем - процесс ой, как не лёгкий...
К тому же, не забывайте, что в репликации учавствуют не только SQL сервера, а ещё и коммуникационное оборудование и системы поддержки безопасности... Внешняя среда накладывает достаточно жёсткие ограничения, которые придётся обходить или преодолевать... В ЕМ это всё видно визуально и очень помогает.