А как вы создате PRIMARY KEY ? Наверное через ALTER TABLE ?

Для конечного результата разницы нет, но

Дело в том, что при использовании create table #WHProc (PointID int not null Primary Key ... имя индекса генерируется системой, имеет вид PK__#WHProc__52F4A2F7 и поэтому является уникальным. При использовании же ... CONSTRAINT [PK_WHproc] ... вы задаете имя индекса и поэтому должны следить, чтобы в базе tempdb это имя было уникальным

ЗЫ
create table #WHProc (PointID int not null PRIMARY KEY, Point varchar(50) not null, bEnt bit not null, bReg bit not null, bLab bit not null, bInv bit not null, bPack bit not null, SysType varchar(10) not null)
GO
USE tempdb
GO
sp_help '#WHProc'