Попробуй так:

INSERT INTO tbl (f1,f2)
select f1, f2 FROM tbl_0
UNION
select f1, f2 FROM tbl_1

Если не добавлять к UNION опцию ALL, то в результирующей выборке и будут только уникальные записи. По идее, должно сработать. Правда сам я не пробовал.

Разумеется, я предполагал, что таблица tbl изначально пустая. Т.е. не надо сравнивать с ужу существующими записями. Если это не так, то попробуй такой вариант:

insert tbl (f1,f2) select DISTINCT f11, f22 from tbl_0 WHERE ... AND f11+f22 NOT IN (SELECT f1+f2 FROM tbl)
insert tbl (f1,f2) select DISTINCT f11, f22 from tbl_1 WHERE ... AND f11+f22 NOT IN (SELECT f1+f2 FROM tbl)

Т.е. обязательно DISTINCT, чтобы не брать дубли из одной таблицы и NOT IN чтобы отсчечь уже записанные значения в tbl