Последнее время я часто с этой проблемой сталкиваюсь - как на семерке, так и на SQL2K -
справедливости ради надо отметить, что такая проблема (разные планы и производительность
для процедуры и аналогичного скрипта) характерна для кривых процедур - если я пишу
процедуру все работает нормально, а вот разработчики наши иногда приносят такое -
типа 5 временных таблиц, 10 курсоров и текст на 7 страниц - вот с такими процедурами
такой геморрой случается часто.

Но все-равно - неприятная проблема, обновление статистики не помогает.
Вот вчера пришлось в такой процедуре явно руками план для джойна задавать.

Еще одна раздражающая мелочь - если используешь синтакс:

... inner loop join ... - то SQL возвращает предупреждения что план был установлен
"насильно" и никак их отключить не удается - некоторые приложения на VB этого
не любят.

Если же устанавливаешь план через option(loop join) - то никаких сообщений
не генерится.