Вообще-то после нормальной отработки Disable Publishing все системные таблицы и процедуры, относящиеся к репликации, удаляются. Были ли сообщения об ошибках во время этой операции? Можно еще ручками проделать тоже самое - sp_dropdistpublisher, sp_dropdistributor, sp_droppublisher, посмотрите, что больше подходит в вашей ситуации.

А что значит "не дает подписчика сделать"? Может, вы подписку неправильно грохнули, а вовсе не паблишинг?

Неплохо бы знать побольше деталей - совмещены ли паблишер и дистрибьютор, тип репликации (судя по всему, транзакционная?), тип подписки (pull, как вы сказали), подписчик на том же сервере или на другом, удаляете ли подписку или всю публикацию целиком и т.д.

У меня были похожие проблемы. Правда, работаю я с merge репликацией, но в данном случае это неважно. Помогало выполнение sp_mergesubscription_cleanup. Для транзакционной репликации это будет процедура sp_subscription_cleanup. А вы в какой базе ее выполняли? Надо в базе подписчика.

Если через визард, то попробуйте удалить не всю репликацию на сервере целиком (полное запрещение паблишинга), а встать на конкретную подписку, с которой проблемы, и удалить ее. После неких действий в базе паблишера последует вопрос "хотите приконнектиться к подписчику и удалить всякое барахло с него?". После ответа "да" и будет выполнен cleanup.

Напишите, получилось что-нибудь или нет...