a) NULL-поля всегда отрицательно сказываются на качестве работы оптимизатора;
б) Использование INNER JOIN вместо IN в общем случае - неважно, а иногда неверно;
в) Быстрее IN всегда предложение EXISTS.

Вот типичная запись в IN:
TABLE1.ID IN (SELECT ID FROM TABLE2)

Вот более быстрая запись в EXISTS:
EXISTS(SELECT TOP 1 1 FROM TABLE2 WHERE (TABLE2.ID = TABLE1.ID))

Замечания:
1) Почему-то SQL Server не всегда понимает, что достаточно найти любую запись для истинности EXISTS, поэтому мы ставим TOP 1 (обычно помогает в случае неуникальности).
2) Выборка константы здесь быстрее, чем выборка поля. Тоже недоделка оптимизатора.

У Вас также красивые с точки зрения теории рассуждения. Есть только одна просьба - проверьте их на реальном сервере.

Просьба только проверять мои варианты на неуникальном индексе. Вот тогда и посмотрим, равны ли по производительнсти варианты с EXISTS(SELECT "FolderAccountId") и с EXISTS(SELECT TOP 1 1)...

Боюсь, что Вы будете удивлены. Кстати, аналогичные моим выводы сделал на своей БД Анатолий Тенцер. TOP 1 реально крайне нужен при выборке на неуникальном индексе, и может быть опущен при выборке по уникальному индексу.

Вынужден тут же сам себя поправить:
Как оказалось, в SQL Server 2000 Service Pack 1 эту проблему оптимизатора решили. Все запросы выдают один и тот же план, по крайней мере, для моихтестовых запросов.

В SQL Server 2000 без сервис паков эта проблема имеет место быть (у нас есть несколько серверов, без SP, с SP1 и с SP2).