В представленной конфигурации железа все возможные варианты не будут хороши. Даже если Вы будете иметь только одну партицию (лучше конечно NTFS), то победить файловую фрагментацию журналов и баз можно очень простым способом. До создания баз данных нужно дефрагментировать диск (например, с помощью Diskeeper ftp://audit.kharkov.com/pub/WinNT/dklite_i.zip ), а потом соэдать базы, и увеличить после этого их размер и размер их журналов до максимально возможного в конкретных условиях. Разумеется, нужно оставить место для нужд ОС и возможных дисковых файлов резервных копий.