IMHO, ответ не до такой степени однозначный. Куча полей типа bit упаковывается побайтно и с точки зрения используемого места получается то же самое, что использование Binary. По Bit нельзя построить индекс (не только нельзя, но и смысла нет). По Binary можно, но смысла также нет, поскольку при использовании в выражениях WHERE битовых операций он использоваться не будет.
Лично я предпочитаю кучу полей bit просто потому, что каждый бит имеет собственное имя, и при выполнении сравнений уже не ошибешься с тем, какую именно маску накладывать.
С другой стороны, если требуется частое сравнение по большой совокупности битов, то лучше использовать вариант с Binary. Потому что в этом случае одна побитовая операция сможет обработать несколько битов одновременно, и это будет производительнее, нежели SQL Server будет сначала выцеплять значение каждого бита, потом сравнивать их с нулями и единицами, потом над полученными булевыми значениями производить операции логического И/ИЛИ.