Для того, что бы разобраться в Вашем вопросе, нужно понять суть процесса регенерации и тогда станет ясно, почему её делают при восстановлении последей резервной копии журнала:
Регенерация (recovery process) является первичным внутренним механизмом восстановления сервера баз данных, позволяющим обеспечить согласованность данных при перезагрузке сервера, по запросу пользователя или в следствии сбоя/аварии. Суть этого процесса в том, что сервер, путём анализа журналов транзакций и баз данных, определяет (естественно, после контрольной точки) какие транзакции записаны в журнале, какие из исполненных в действительности не были применены (тогда их применяют), а также какие транзакции ещё не завершены и могут быть откачены назад. При запуске SQL сервера регенерация всех баз данных запускается автоматически.
Если регенерация не в состоянии разрешить имеющиеся в базе данных проблемы, вы может приступить к восстановлению данных из резервных копий с помощью SQL SEM или оператора RESTORE DATABASE. При этом, сервер баз данных выполнит несколько обязательных проверок для резервных копий, дабы оградить Вас от случайной ошибки. Во первых, сообщение об ошибке будет Вам выведено, если имя базы данных в копии отличается от имени имеющейся на сервере и подлежащей восстановлению базы. Также, закончится всё ошибкой, если набор файлов в копии отличается от заменяемого на сервере. И наконец, если вы попытаетесь восстановить не все файлы, подлежащие замене, а это не допустимо из за их связанности, сервер также станет ругаться и укажет Вам полный перечень файлов, которые должны содержаться в резервной копии. Отключить эти проверки можно с помощью WITH REPLACE.
Кроме этого, документация настоятельно рекомендует после сбоя пытаться сделать резервирование оставшихся в журнале транзакций и уже после восстановления их резервной копии, применять регенерацию. Такой подход позволяет сохранить если не все то максимальное количество зарегистрированных транзакций.

Регенерация не только не мешает, а необходима. Как ещё иначе вы отсеете незавершённые транзакции, которые могут появиться в процессе востановления, или остались в журнале. Она как бы гарантирует, что база зафиксирована и готова к работе.

Вот именно, это её свойство и нужно Вам, что бы гарантировать, что после регенерации никакие резервные копии (из имеющегося набора) не будут восстановлены. Особенно это важно, если Вы восстанавливаете данные на определённый момент времени. Это её свойство добавлено умышленно, т.к. не всегда нужно восстанавливать всё цепочку резервных копий и не всегда это делается "ручками". Заметьте, регенерация не является обязательной при восстановлении.