Нет гарантии, что все будет работать после такого двойного апгрейда, а остаток времени от семи часов после апгрейда будет маловато для исправления появившихся неприятностей. Я бы в такой ситуации не рисковал, а поступил бы следующим образом:
Установил на другой временной машине конфигурацию с NT4-MSSQL7. Поднял бы там базу из бэкапа, переподключил всех на эту машину. А на первоначальный сервак не спеша установил бы с нуля (после форматирования) win2000 и sql2000. После переноса туда базы и хорошего тестирования, уже бы сделал окончательный перенос базы с временной машины на сервак и переподключения на него юзеров.