Возможно, что перестанет запускаться SQL Server Agent, который по умолчанию запускается под системным логином. Но это можно исправить, нажав SQL Server Agent/Свойства/Connection/Use SQL Server Authentication - поставить 'sa' и ввести руками пароль (там написаны звездочки - это не должно вводить в заблуждение! - надо пароль ввести вместо этих звездочек, т.к. сначала под ними ничего нет).

Возможно также, что в Enterprise Manager'е придется поменять Registration Properties - вместо Use Windows Authentication задать login и password пользователя SQL-сервера.