А о какой репликации идет речь? Вот в репликации непосредственно обновляемых подписчиков эта проблема точно отсутствует. Зато присутствуют другие .

1. Необходимость высокоскоростного и надежного соединения. Если такового нет, то многие распределенные транзакции (на которых и построена репликация непосредственно обновляемых подписчиков) просто не смогут закрепиться. Плюс жуткие тормоза при каждом шевелении данными.
2. ПОНИЖЕННАЯ надежность. При выходе из строя одного из серверов, учствующих в репликации, все остальные тоже не смогут модифицировать данные, поскольку транзакции модификации данных не смогут закрепиться на одном из участвующих в репликации серверов.

Для Merge-репликации оговоренная тобой проблема действительно имеет быть. И она не единственная. Синхронизация действительно идет НЕ в транзакции. Я обнаружил еще одну аналогичную проблему Merge-репликации. Если во время синхронизации передается большой массив информации, и во время передачи вдруг разорвалось соединение, оказывается половина данных перекачено, а половина нет. В результате могут, к примеру, появиться счета или накладные, в которых присутствуют не все позиции (по крайней мере до прошествия полной синхронизации). Действительно, данные, переданные при начале синхронизации, появляются на экранах пользователей до окончания синхронизации, что может привести к принятию неверных решений.
Судя по всему, философского камня, который решал бы все проблемы на все случаи жизни не существует. Иначе был бы только один вид репликации, годящийся на все случаи жизни, а их множество. У каждого вида свои достоинства и свои недостатки. Нужно выбирать для конкретной ситуации тот вид, плюсы которого перевешивают его же недостатки. А избавиться от всех минусов напрочь IMHO не получится.