Пишите скрипт, в котором вначеле переносите данные во временные таблицы, потом меняете структуру, ну и затем соответственно возвращаете данные назад. Временные таблицы только в том смыле, что потом их удалите, т. е. таблицы базовые но с другими именаим, что то типа: select * into tmp_table from table.
Если пользовались CASE средством, то можно такой скрипт сгенерить (только проверять надо, у Power Designer например при этом вылезает изрядное количество глюков)