Если база данных только что создана с параметрами создания по умолчанию (1 Мб и Автоувеличение на 10%), то, возможно, что при выполнении в цикле тестовых операций производилось автоматическое изменение размеров файлов базы данных - а это весьма дорогостоящие операции. Чтобы этот фактор не влиял, нужно размер базы данных и журнала транзакций задать заведомо большим.
Проверить, совпадают ли в разных версиях значения параметров настройки. В частности, Nested Triggers. Возможно, что триггеры приводили в одном случае к рекурентому запуску самих себя, в другом случае нет.
Наиболее чистый эксперимент будет в том случае, если клиентское приложение расположено на другом компьютере, а на серваке ничего кроме MS SQL Server не стоит. Версия 6.5 использует фиксированные настройки памяти, а 7.0 динамически перестраивает используемую сервером память в зависимости от того, насколько интенсивно ее используют на этом же компьютере другие приложения. На перестройку параметров тоже уходит приличное время.