Очень даже стоит, разумеется, кроме кластерных. И вот почему:
1. Поскольку изменения в данных приводят к изменению в индексах, а и те и другие лежат на дисках. Дисковые операции самые медленные, распараллеливание их всегда даёт положительный эффект. Необходимо только учитывать, что возможности RAID контроллера, SCSI и PCI шин не безграничны.
2. Обработка данных и индексов, как правило, осуществляется в памяти, которая может запросто успевать обслуживать много медленных, дисковых устройств. В идеале, если вы приблизите суммарную пропускную способность дисковой системы к пропускной способности памяти, у вас получится идеально оптимизированная система. Что возможно только путём рапараллеливания дисковых операций на нескольких контроллерах и нескольких независимых дисковых массивах.
3. Разделение файла БД на данные и индексы уменьшает фрагментацию и тех и других.

Моя практика показывает, что добавление в систему дополнительного RAID контроллера с независимой дисковой системой доёт прирост производительности в разы (точно не измерял). Больший прирост производительности, чем от оптимизации дисковых операций, мне давал только переход с NT на NT EE.