Можно и сразу, но до окончания выполнения Select into #mytemptable ... блокируется база tempdb. Т.е. увеличение времени выполнение Select ведет к увеличению времени блокировки, что, соответсвенно, увеличивает время ожидания этого рескрса другими процессами. Т.к. вы создаете временную таблицу только для текущего соединения (или нет ?), то зачем же блокировать целую базу ? Если время блокировки не критично, то можно, конечно, и блокировать подольше.