У меня работает megre-репликация, но первоначально был похожий глюк. Может быть Вам пригодится его описание.
Считая, что первоначальная синхронизация мне не нужна, я не позволяла snapshot agent выполнить моментальный снимок, а он в любом случае используется при первом сеансе репликации, даже если не нужно проводить первоначальную синхронизацию.
Поэтому я устанавливаю для snapshot агента - выпониться только один раз. При этом подстраховываюсь и для snapshot устанавливаю "не изменять существующие объекты". А вот второго агента, отвечающего непосредственно за сведение запускаю каждую ночь. При первом сеансе работы этот агент выпонил чтение моментального снимка и больше к нему не приставал.