>...и база и 1С находятся на одном и том же устройстве.
Похоже, что ноги растут именно отсюда. Клиентская часть 1С сама по себе монстр, пожирающий ресурсы ничуть не хуже SQL-сервера. Скорее всего Вы используете возможности динамических настроек SQL-сервера. Когда клиент инициирует какие-то задачи, требующие большого количества ресурсов как для клиентского приложения, так и для сервера, SQL-сервер начинает перераспределять используемую им память то в большую, то в меньшую сторону. Сама эта операция довольно дорогостоящая. При нехватке памяти может усиленно пилиться файл подкачки - еще одна причина серьезных тормозов.
Поэтому в дополнение к сказанному Александром Гладченко могу порекомендовать никогда не использовать "тяжеловесных" клиентов (каковым в частности является 1С) на одном компьютере с SQL-сервером.

Да что там, продукт просто классный. Только язык запросов иногда не все отфильтровывает из того, что должен. Иногда утверждает, что 2+2=5. Плюс к тому, если в запросе имеется фильтр, то все равно с сервера возвращаются все записи. При проходе в цикле по возвращенным запросом записям приходится крутить 1000000 циклов, чтобы добраться до тех двух, которые он "отфильтровал".
Верить документации нельзя. Параметры, имеющие значения по умолчанию в системных функциях, совсем не обязательно их имеют на самом деле. Описание синтаксиса также не всегда соответствует действительности.
Если в иерархическом справочнике добавить группу (она еще пустая), а затем зайти внутрь только что добавленной группы, то программно определить, в каком месте справочника ты находишься, становится невозможно.
Если несколько справочников подчинены друг другу, и в документе используется ссылка на справочник самого нижнего уровня, то при попытке ввести или изменить поле документа открываются все справочники, завязанные друг на друга - САМИ ОТКРЫВАЮТСЯ (и это здорово). А после выбора значения из справочника нижнего уровня они уже сами НЕ закрываются. Программно закрыть их тоже невозможно. Если ссылающееся на справочник нижнего уровня подчинения поле находится в табличной части документа, то несчастному юзеру сильно не повезло - после ввода каждой строчки накладной ему придется вручную прощелкивать по крестикам целой груды вывающихся на экран окон. (ЗАМЕЧАНИЕ. Этот недостаток верси 7.5 недавно в версии 7.7 был устранен - по прошествию 3 лет после того, как 1С была о нем проинформирована лично от меня).
Для того, чтобы внести какие-либо изменения в структуру, необходимо выгнать из системы пользователей. Работать над разработкой конфигурации более чем одному программисту нельзя. Слишком много операций, которые требуют монопольного режима работы (похоже, система изначально проектировалась для ИЧП ). Штатные средства репликации не предусмотрены, а нештатные при попытке их прикрутить к системе нарушают ее работу.
Если вы обнаружите к перечисленным еще какие-либо ошибки, вы имеете право сообщить о них в 1С. А 1С имеет право (ха-ха-ха) молча их проигнорировать. Зачем тратить усилия на то, за что деньги уже получены? (Резонный вопрос, можно даже сказать, риторический).

А в остальном, прекрасная маркиза, все хорошо, все хо-ро-шо!