Летят два крокодила - один зеленый, другой в Африку... Не надо сливать разные проблемы в один вопрос.
1. Вопрос - как лочить таблицу. Ответ - RTFM. Есть BOL, в ней есть вся необходимая информация. Набери в индексе слово locking - и читай на здоровье.
2. Вопрос о timeout'е. Ответ - RTFM. Про таймауты там тоже написано.

>Иначе возникает момент кокда сервер выкидавает сообщение что время вышло и не даёт сделать изменения, причём часть процедуры выполняется.
Совершенно бредовое описание проблемы. Такое ощущение, что вы не понимаете, что происходит в вашей программе. Или не в силах объяснить.