Текущий процесс ждет чего-нибудь
- ресурсов, котрые заблокированы другими процессами
- окончания действий ядра сервера, например записи в журнал транзакций, или выделения места под новые записи
- окончания действия операционной системы, например по записи на диск
- скрипт не учитывает какую-то ситуацию (проверить можно, если начать обработку с другой записи)

1. Если какие-то взаимные блокировки ?
2. Наблюдается какая-нибудь активность в системе ?
3. Как обстоят дела с ресурсами, кому, чего и сколько роздано ?
4. SET NOCOUNT ON в начале скрипта имеется ?
5. Какие у вас версии операционной системы, SQL и сервиспаков ?